La Sinfonía Escocesa fue iniciada en agosto de 1829 y terminada el 20 de enero de 1842. Mendelssohn dirigió el estreno con la Orquesta de Gewandhaus de Leipzig, el 3 de marzo de 1842.

La primera de las nueve visitas que el compositor hizo a las Islas Británicas comenzó en abril de 1829. Había sido animado por su profesor de composición, Carl Friedrich Zelter, a abandonar la provinciana Berlín y ver el mundo. Su padre estuvo de acuerdo. Igualmente importante fue el deseo del joven de estar lejos del hogar y arreglarse por su cuenta. Primero fue a Londres, donde se alojó con su amigo Carl Klingermann. La capital británica fue al principio desconcertante. "¡Es pavorosa! ¡Es loca! ¡Estoy turbado y confuso! Londres es el monstruo más grandioso y complicado que el mundo tiene para ofrecer."

Pronto se acostumbró a Londres. Su música fue tocada y recibida cálidamente. Una interpretación de su Primera Sinfonía le convirtió en el favorito del público británico y de ahí en adelante consideró a Inglaterra su segundo hogar.

En el verano, él y Klingermann se fueron de vacaciones a Escocia. Primero fueron a Edimburgo, donde visitaron las ruinas de la capilla en la que había sido coronada María Estuardo. Allí, al joven compositor se le ocurrió la idea de grabar sus impresiones sobre Escocia en una sinfonía. Escribió los primeros 16 compases de la introducción, que contiene el material melódico principal del movimiento de apertura.

El compositor estaba encantado con Escocia. Vio Glasgow, Perth, Inverness y Loch Lomond y conoció a sir Walter Scott, de quien había leído la totalidad de sus novelas. Su entusiasmo por Escocia es evidente en esta carta a su familia:

Todo aquí parece tan duro y vigoroso, envuelto a medias en neblina o humo o bruma. Además, hubo una competición de gaitas. Muchos montañeses llegaron de la iglesia vestidos con sus trajes típicos, llevaban victoriosamente a sus enamoradas con sus trajes domingueros y miraban magníficos y con aire de importancia al mundo, desde arriba. Con largas barbas rojas, mantos de tartán, gorras y plumas, las rodillas desnudas y sus gaitas en la mano, pasaron tranquilamente de largo por el castillo en ruinas que se halla en la pradera, donde María Estuardo vivió con esplendor y vio el asesinato de Rizzio. Siento como si el tiempo corriera muy velozmente cuando tengo ante mí tanto de lo que fue y tanto de lo que es... Hoy, a la hora del crepúsculo, fuimos al palacio donde vivió y amó la reina María. La capilla junto a él, actualmente ha perdido su techo, está cubierta de césped y de hiedra y, en el altar roto, María fue coronada reina de Escocia. Todo está en ruinas, deteriorado y abierto al cielo. Creo que he encontrado aquí hoy el comienzo de mi Sinfonía Escocesa.

El destino de la sinfonía sería esperar una década hasta ser terminada. El siguiente invierno, Mendelssohn trabajó en ella junto con la Obertura de Las Hébridas y la Sinfonía Italiana, mientras viajaba por Roma y Nápoles. Como estaba en Italia, quizás era natural que la Italiana atrajera la mayor parte de su atención. "¿Quién puede sorprenderse de que me resulte difícil volver a mi brumoso humor escocés?" Para cuando finalmente trazó la doble barra al término de la Sinfonía en La menor, las otras obras narrativas de viajes hacía tiempo que estaban terminadas. De modo que, a pesar de la numeración confusa de las sinfonías de Mendelssohn (por orden de publicación y no de composición), la Escocesa fue verdaderamente la última de las obras sinfónicas que terminó.

El compositor volvió a Gran Bretaña varias veces. En 1842, cuando estaba en Inglaterra para dirigir el estreno en Londres de la Sinfonía Escocesa, conoció a la joven reina Victoria y al príncipe Alberto. Ellos estaban más nerviosos de conocer al famoso compositor que este de pasar una velada con la realeza. Pidió, y le fue concedido, permiso para dedicar la sinfonía a la reina.

Pero, ¿cuánto de escocesa es la Tercera Sinfonía! No se cita ninguna tonada folclórica. Mendelssohn, de hecho, tenía aversión por toda la música folclórica. Poco después de su visita a Escocia, escribió:

"¡Para mí nada de música nacional! ¡Diez mil diablos se lleven a toda la nacionalidad! Ahora estoy en Gales y, ¡válgame Dios!, en el salón de toda posada famosa se sienta un arpista, que toca incesantemente las así llamadas melodías nacionales, es decir, ¡la basura más infame, vulgar y desentonada, con un organillo que lo acompaña al mismo tiempo!"

Sin embargo, hay un cierto sabor folclórico escocés en la sinfonía, aunque aparece en sordina y más en la superficie que en la estructura. Como lo explica el biógrafo Erik Werner:

"En todo el primer movimiento respiramos el aire pesado y denso de la bruma de las montañas de Escocia; en consecuencia, está orquestada masivamente y su colorido es oscuro. En marcado contraste con esto, el scherzo... nos recuerda las joviales danzas folclóricas de los escoceses con sus gaitas. El tema es pentatónico, como las canciones folclóricas gaélicas."

Cada frase de este tema de clarinete termina con un ritmo conocido como "Scotch snap". Las precipitadas ondas cromáticas hacia el final del primer movimiento podrían tomarse como representantes del rugiente viento norte. Mendelssohn originalmente rotuló el final allegro guerriero: "veloz y guerrero". Esta marcación, aunque finalmente fue remplazada por allegro vivacissimo, ha llevado a varios comentaristas a considerar este movimiento una pintura de los guerreros en plena batalla.

No obstante, sería un error escuchar demasiadas referencias directas a Escocia en esta música. Mendelssohn deploraba la música con referencias extramusicales explícitas. Muchas de las invocaciones a Escocia están más en los oídos de ciertos oyentes prejuiciosos que en la música. De hecho, un oyente bastante perceptivo, el compositor Robert Schumann, escuchó una interpretación de esta sinfonía y, creyendo que era la Italiana en lugar de la Escocesa, (Mendelssohn publicó la obra sin el subtítulo), alabó la magnífica imaginería italiana y dijo de la obra que era "tan bella como para compensar a un oyente que nunca hubiera estado en Italia". ¡Eso en cuanto a su inconfundible carácter escocés!