Cuando Napoleón ocupó Viena en 1809, la ciudad sitiada entró en un período de privaciones considerable. Una vez que el conquistador fue expulsado en 1813, Viena comenzó a reconstruir su economía. Nadie tenía demasiada energía ni recursos para invertir en las artes en aquellos tiempos difíciles. Como consecuencia, ningún miembro de la aristocracia mantuvo ya orquestas. El único conjunto profesional de la ciudad era el Tonkünstlerverein, que tocaba sólo unos pocos conciertos, la mayoría consagrados a oratorios. Había pocas salidas para las sinfonías.

En parte para contrarrestar esta falta de producción musical profesional, se formaron varias orquestas de aficionados. El cuarteto de cuerdas familiar de Schubert, por ejemplo, se amplió hasta convertirse en una orquesta de cámara. El compositor era violista, sus dos hermanos violinistas y su padre, chelista. A este núcleo se agregaron amigos que tocaban diferentes instrumentos de vientos y de cuerdas. Como la orquesta ya no cabía cómodamente en la casa de Schubert, los miembros se reunían dos veces por semana en la casa de un comerciante local. Bajo la dirección del violinista Josef Prohaska, la orquesta tocaba sinfonías de Haydn, Mozart, Pleyel, Rosetti y otros. El grupo continuó creciendo y debió mudarse varias veces más a casas todavía más grandes. De 1815 en adelante, ocasionalmente dieron conciertos públicos.

A Schubert le gustaba tocar en esta orquesta. Durante muchos años había sido miembro de su orquesta escolar e incluso ahora que se había graduado continuaba tocando con ese grupo de vez en cuando. Entre un conjunto y el otro recibió una completa influencia de la música sinfónica de la época. El mismo compuso varias obras orquestales entre 1813 y 1818, incluyendo las primeras seis sinfonías. Estas piezas eran ensayadas, sino verdaderamente tocadas, por una u otra de las dos orquestas de Schubert.

Cuando se desintegró la orquesta de aficionados, las sinfonías tempranas de Schubert casi se perdieron. Las transcripciones para piano que aparecieron en la década iniciada en 1860 no generaron suficiente entusiasmo como para garantizar que se hicieran presentaciones o publicaciones de las versiones orquestales. La actitud de finales del siglo XIX está tipificada por la reacción de Brahms a una invitación, en 1873, para dirigir un concierto compuesto exclusivamente por obras de Schubert. Brahms declinó la invitación diciendo que no había suficientes obras orquestales de Schubert adecuadas para llenar un concierto.

El interés en su música orquestal de los primeros tiempos se manifestó por último en Inglaterra, donde las primeras cinco sinfonías fueron estrenadas profesionalmente en los Crystal Palace Concerts entre 1873 y 1881. La Tercera Sinfonía fue la última de la serie que se escuchó. Su estreno en 1881 tuvo lu­gar 66 años después de haber sido compuesta. Sin embargo, incluso después de estas presentaciones en Londres, las sinfonías tempranas seguían sin ser tocadas con gran frecuencia. Sólo fue con la llegada de las grabaciones y de las transmisiones por radio del siglo XX y con la proliferación de las orquestas cuando se convirtieron en parte del repertorio sinfónico normal.

Las sinfonías tempranas que llevan números impares tienden a ser graciosas y efervescentes, en tanto que sus hermanas pares buscan una expresión más profunda. Por ejemplo, el movimiento lento de la Tercera, que podríamos esperar fuera sobrio, es en cambio liviano y delicado. Su tiempo no es un adagio, ni siquiera un andante (aunque Schubert originariamente lo marcó andante molto), sino allegretto. Es una forma ABA directa, en la que ambos temas son simples y bellos. No podrían quedar fuera de lugar en la bella música de Rosamunde.

El minué tiene una maravillosa vitalidad rítmica. Se caracteriza por una fuerte acentuación de los tiempos inacentuados: un verdadero ritmo de zapateo. El trío es un gracioso Lánder, una danza folclórica austríaca.

El final de la Tercera nos sugiere a Rossini en su tiempo rápido y airoso. El musicólogo Mosco Carner menciona las variadas "características de Rossini que se encuentran en casi todas las páginas. Además del ritmo de tarantela que impregna toda la obra... [el movimiento] está lleno de arpegios en tríada seguidos por pasajes breves de escala, repeticiones de cadencias simples, inesperados y ruidosos estampidos de tutti y frecuentes crescendos, todo en la típica vena de Rossini". Esta mercurial modulación perpetua del movimiento imposibilita los contrastes de importancia. Cuando llega el segundo grupo de temas, por ejemplo, se vuelve muy similar al primer tema. Es interesante notar que su tonalidad no es la dominante tradicional, sino la subdominante.

No es este el único ejemplo de una elección inhabitual de la tonalidad en la Tercera Sinfonía, los segundos grupos de temas del primer movimiento y del final están recapitulados en subdominante, lo cual es muy raro en la música de Mozart, Haydn o Beethoven. Además, la recapitulación del primer tema del final se produce en la dominante, lo cual es incluso menos habitual todavía en el período clásico. Los críticos a veces atacan a Schubert por estas desviaciones de la tradición, proclamando que no comprendió las implicaciones estructurales del sistema tonal. Muy por el contrario, Schubert sabía exactamente lo que estaba haciendo. Su uso de la tonalidad difiere de modo fundamental del uso que hicieron sus antecesores. Como lo explica Carner:

La idea que yace detrás de la práctica clásica de introducir, en la repetición, el segundo tema en la tónica era indicar la solución del conflicto armónico entre los dos polos tónica y dominante, un conflicto que impartía a la exposición algo de su movimiento dinámico, en avance. Schubert ignora esa idea, retrotrayendo frecuentemente el tema segundo [o incluso el primero] en una tonalidad distinta de la tónica y crea así una tensión de tonalidades similar a la de la exposición. Esto parece sugerir que lo que le importaba a Schubert no era tanto el significado funcional y estructural de las tonalidades sino su atractivo más sensorial, como patrones de color armónico diferente. En otras palabras, el sentimiento romántico del estilo armónico de Schubert comenzó a afectar incluso las relaciones tonales básicas de la forma sonata clásica.

Componer esta sinfonía espontánea le significó poco problema a Schubert. Escribió los 47 compases de la apertura en un solo día, la dejó a un lado y luego volvió sobre ella para terminar la obra en poco más de una semana. En el manuscrito aparecen evidencias de reescrituras en sólo dos lugares: el tema principal del primer movimiento primero fue asignado a las cuerdas, luego al oboe, antes de que finalmente fuera dado al clarinete; y los temas del segundo movimiento originariamente fueron muy diferentes.