La primera referencia a la demoníaca idea que subyace bajo la pieza se remonta al día de Navidad de 1858, cuando el compositor de 19 años y su hermano esbozaron un esquema para una ópera de tres actos basada en Víspera de San Juan, de Gogol. Sin embargo, nada resultó de esta idea. Tres años más tarde el compositor afirmó que le habían encargado poner música a un acto del drama La Bruja, del barón Mengden. El acto estaba destinado a describir el aquelarre de las brujas en la noche de San Juan. Sin embargo, no se ha encontrado ninguna otra evidencia de ese encargo. Probablemente fue una expresión de deseos de parte de Mussorgsky. Jamás compuso la música.

Mussorgsky fue miembro de un grupo de compositores conocidos como los Chico Rusos. La historia posterior de Noche en el Monte Calvo involucra a otros dos compositores de estos cinco: Mily Balakirev, el imponente líder del grupo, que alentaba su nacionalismo ruso, y Nicolai Rimsky-Korsakov, el conservador que finalmente adoptó los modos de acercamiento más disciplinados que había aprendido de sus contemporáneos europeos occidentales. En abril de 1866 Mussorgsky escribió a Balakirev que estaba trabajando en una música de brujas, en la forma de un poema tonal. No terminó la pieza hasta más de un año más tarde. En ese momento manifestó haberla compuesto sin esbozos, directamente en la partitura orquestal, en dos semanas. Estaba convencido del éxito de la obra. Se la dedicó a Balakirev y escribió sobre ella a Rimsky-Korsakov:

"El 23 de junio, en la víspera del día de San Juan, terminé con la ayuda de Dios La Noche de San Juan en el Monte Calvo, una pintura musical con el siguiente programa: Asamblea de las brujas, su charla y chismorreo; El cortejo de Satán; La impía glorificación de Satán; y Aquelarre de las brujas."

Después de un análisis técnico de la obra, el compositor continuaba:

“En mi opinión, la Noche de San Juan es algo nuevo y está destinada a producir una impresión satisfactoria en un músico serio. Lamento que la distancia nos separe, porque me gustaría: que examináramos juntos la recién nacida orquestación... Hay; un libro, Brujerías de Khotinsky, que contiene una descripción muy gráfica de un aquelarre de brujas proporcionado por el testimonio de una mujer en un juicio, que fue acusada de ser una bruja y había confesado a la corte sus devaneos amorosos con el mismo Satán. La pobre lunática fue quemada: esto ocurrió en el siglo XVI. A partir de esta descripción hice la construcción del aquelarre.

El pasaje del libro de Khotinsky que estimuló la imaginación de Mussorgsky es el siguiente:

Los aquelarres, o festividades del espíritu del mal, donde se reunían hechiceros y brujos, por lo general tenían lugar en las alturas de montes aislados, tales como Brocken o Brocksberg en Alemania, Blokula en Suecia y el Monte Calvo, cerca de Kiev. Muchas mujeres y hombres asistían a esas reuniones y las brujas eran las más honradas por el Demonio... El que se embadurnaba con un ungüento especial caía en un profundo sueño. Entonces veía al Diablo en la forma de un negro macho cabrío, sentado en una piedra o en un tocón de árbol podrido... El macho cabrío era venerado del modo más vil... Empezaban las danzas en las que hombres y mujeres bailaban entre sí y también con los demonios que constituían el séquito del Demonio. La mayoría de ellos tenía la apariencia de lobos, machos cabríos, sapos y toda clase de reptiles. De inmediato se transformaban en apuestos jóvenes que se convertían en las parejas de las mujeres que asistían al aquelarre. Por lo general, bailaban espalda contra espalda. A esta altura ocurrían cosas inenarrablemente viles... Los aquelarres podían producirse cualquier noche y sólo diferían en el carácter de los pecados y de las cosas viles que tenían lugar allí. Sin embargo, por lo general se realizaban los viernes, la víspera del sábado, y el aquelarre principal anual se celebraba en la víspera de San Juan... Por la noche, las brujas, con el cabello suelto sobre los hombros, montaban sus escobas, tenedores de hornos, palas, escobas de ramas o escobas de paja y salían volando por las chimeneas hacia el aquelarre en el Monte Calvo.

La carta de Mussorgsky a Rimsky-Korsakov indica su necesidad de comentar la orquestación con un colega más experimentado. Pero primero tenía que enviar la partitura a Balakirev para obtener su aprobación y posiblemente un estreno. Mussorgsky se regocijaba con el éxito de su música, pero cuando Balakirev respondió, después de un prolongado retraso, el regocijo se convirtió en aflicción. El mentor de Mussorgsky no pudo apreciar la audacia armónica de la obra y expresó su desaprobación abiertamente. No se vislumbraba estreno alguno en el futuro. Rimsky-Korsakov tampoco tuvo una gran opinión de esta composición sorprendentemente original. Mussorgsky dejó la obra a un lado y continuó con otros proyectos.

Encaró la composición nuevamente en 1872. El director del Teatro Imperial encargó a cuatro de los Cinco Rusos que hicieran en colaboración una elaborada ópera-ballet, Miada. A Mussorgsky y Rimsky-Korsakov, que por aquel tiempo compartían el alojamiento, se les asignaron los actos segundo y tercero. Mussorgsky tenía que proporcionar la marcha de una procesión, una vivida escena de mercado y una escena fantástica para la cual volvió a arreglar Noche en el Monte Calvo, agregándole partes corales. El trabajo en colaboración no funcionó y Miada fue abandonada. La segunda versión de Noche ha sido preservada.

En 1874, el compositor inició una ópera cómica, la Feria de Sorochintsky. Aunque nunca la terminó, reelaboró la versión de Noche para coro y la orquesta para incluirla en la ópera. Esta fue la última versión de la pieza que realizó el compositor. Pero la historia no termina con la muerte de Mussorgsky, ocurrida siete años después.

Rimsky-Korsakov, que sentía que Noche en el Monte Calvo tenía muchos efectos maravillosos, trató de resucitarla después de la muerte de su amigo. Probablemente usó la versión final, que era más suave que la versión para orquesta solamente. Rimsky manifestó que originariamente la pieza era para piano y orquesta, pero su memoria era notablemente mala y nunca surgió ninguna otra evidencia que sugiriera la existencia de esta versión. Suavizó muchas de las irregularidades y mejoró la orquestación. En muchos sentidos su partitura está tan alejada de la original que es mejor llamarla una fantasía sobre temas de Noche en el Monte Calvo.

La partitura original finalmente fue publicada en 1968. Difiere considerablemente de la versión de Rimsky. Demuestra tanto la originalidad de Mussorgsky como su inexperiencia en lo que respecta a la forma y la orquestación. Se la toca de vez en cuando, pero no ha remplazado la famosa fantasía de Rimsky. Además, hay razones para dudar de que en realidad sea exactamente la primera versión, porque carece de un tema importante que Mussorgsky citó en la carta escrita a Rimsky poco después de haber terminado la pieza por primera vez.