En 1840, Mendelssohn fue "invitado" -es decir, convocado- a la corte del nuevo rey de Prusia, Federico Guillermo IV. El rey deseaba que el mecenazgo de las artes fuera una prioridad principal de su régimen, y por lo tanto atrajo a Berlín a poetas, pintores, músicos e intelectuales. La intención de Federico Guillermo era buena, pero era un soñador que tenía más ideas de las que jamás pudo poner en práctica. Quería que Mendelssohn, por ejemplo, no sólo estuviera a la cabeza del departamento de música de la Academia Real de las Artes, sino también que iniciara un nuevo conservatorio que fuera el centro de la vida musical alemana.

La familia del compositor le apremió a aceptar el cargo. Su madre, que había enviudado recientemente y vivía en Berlín, estaba especialmente ansiosa de que su hijo regresara a la ciudad donde había pasado su infancia. Mendelssohn se sentía poco dispuesto, porque nunca le había gustado Berlín y porque estaba seguro de que sus ideas liberales chocarían con el conservadurismo del rey. Además, sabía que dispondría de poquísimo tiempo para componer la música que a él le gustaba escribir. Uno de sus muchos proyectos era un concierto que había prometido a su viejo amigo, el violinista Ferdinand David. Pero por fin Mendelssohn aceptó: cuando un rey invita, el súbdito acude. El compositor estaba entusiasmado con la idea de trabajar en la ciudad más grande de Alemania y ansiaba tocar con los grandes conjuntos de Berlín así como componer para ellos.

Tras complicadas negociaciones respecto de sus exactas obligaciones y cargo, Mendelssohn se mudó con su familia a la capital prusiana en 1841. Obtuvo permiso por un año para dejar su cargo como director de la Orquesta Gewandhaus de Leipzig. El primer violín Ferdinand David, para quien Mendelssohn estaba escribiendo el Concierto para Violín, asumió el cargo de director, en el que le sucedió, cuando el compositor se quedó en Berlín, Ferdinand Hiller y luego Neils Gade (a quien le tocó el honor de dirigir el concierto cuando finalmente estuvo listo en 1845).

Una vez en Berlín, Mendelssohn se topó con una serie de frustraciones. Los músicos de la orquesta no eran tan consumados como los de Leipzig y experimentaban hostilidad hacia él. Además, los burócratas con los que tenía que lidiar en la corte eran evasivos y poco cooperativos. Del ministro de Artes, a través del cual debían canalizarse todas las peticiones de Mendelssohn, el compositor dijo: "Parece haber jurado la muerte a todo emprendimiento intelectual libre. Tiene miedo de un ratón." Se sumó a la infelicidad de Mendelssohn la muerte inesperada de su madre en 1842.

El compositor trabajaba en exceso y estaba deprimido. Se le exigía enseñar, componer para el Teatro Real y para los servicios de la iglesia y dirigir una orquesta y un coro. También tenía que habérselas con la estupidez oficial y la insensibilidad. Por ejemplo, se le pidió poner música a un poema "patriótico" que verdaderamente se oponía a la libertad de Alemania (para su buen nombre, Mendelssohn se negó a llevar a cabo esta tarea, aunque sí dirigió el arreglo de un tal Konradin Kreutzer). Su infelicidad cobró su tributo en su música. Durante esos años en Berlín se le exigió escribir música incidental -en su mayor parte vacía y ahora casi olvidada- para las producciones Antígona y Edipo en Colona de Sófocles y para Athalia de Racine. La única excepción fue la maravillosa música para Sueño de una Noche de Verano de Shakespeare, que había comenzado a los 17 años y que ahora terminó, a petición del rey. Un cortesano "hizo un cumplido" al compositor respecto de su nueva pieza: "¡Qué lástima que haya desperdiciado su bella música en una obra de teatro tan estúpida!"

Los planes del rey para el nuevo conservatorio no llegaron a nada. Mendelssohn había aportado con mucha fe una serie de ideas bien meditadas, pero el rey, como verdadero diletante que era, había trasladado su entusiasmo a otros proyectos. La idea de la escuela quedó "en suspenso", indefinidamente. El compositor le escribió a un amigo: "Grandes planes, exiguos logros; enormes exigencias, pocas concreciones; crítica sofisticada, músicos miserables."

Mendelssohn estaba listo para abandonar. Pero el rey le halagó y le conquistó para que se quedara. Su carga de trabajo fue aliviada y se le dio la libertad de viajar. Pero el rey resultó ser un tramposo: la mayor parte de lo prometido nunca se materializó. Mendelssohn regresó momentáneamente a Leipzig, donde logró fundar un nuevo conservatorio. Esta escuela, que había sido planeada tiempo atrás, cumplía con todos los ideales que Federico Guillermo había deseado para Berlín, pero que era reacio a llevar a cabo. El estelar plantel de profesores incluía al violinista David (que todavía esperaba pacientemente el Concierto para Violín de Mendelssohn), al compositor Robert Schumann y al teórico musical Moritz Hauptmann.

Mendelssohn regresó a sus deberes oficiales y a sus frustraciones no oficiales en Berlín. Hallaba opresivo el entorno social de la corte y su salud comenzó a sufrir (murió tres años más tarde, a la edad de 38 años). El rey Federico Guillermo simuló estar confundido cuando supo que su muy bien pagado servidor deseaba la libertad completa, pero finalmente se avino, con la condición de que Mendelssohn estuviera disponible para futuros encargos e interpretaciones. El compositor dejó Berlín para siempre en 1844; escribió a un amigo: "El primer paso fuera de Berlín es el primer paso hacia la felicidad." Ya sin la exigencia de componer obras patrióticas, himnos eclesiásticos y música incidental, finalmente pudo terminar la obra que había empezado seis años atrás, el magnífico Concierto para Violín.

Aunque Mendelssohn mismo era violinista y anteriormente había escrito otro concierto para violín (a la edad de 15 años), repetidamente buscaba el consejo de su amigo David. Como resultado, el Concierto en Mi menor es una integración magistral de virtuosismo y musicalidad. Está lleno de líneas melódicas que brotan del violín aparentemente sin esfuerzo y sin embargo explota totalmente el potencial técnico del instrumento. El final en particular presenta un virtuosismo desenfadado y verdaderas melodías integradas en uno de los scherzos maravillosamente endiablados de Mendelssohn. Es esta combinación de virtuosismo y lirismo la que ha hecho que el concierto fuera apreciado por generaciones de violinistas y oyentes.

El concierto tiene también su cuota de innovaciones. Se puede considerar, por ejemplo, el modo en el que los movimientos están enlazados entre sí. Un fagot sostiene una sola nota todo el tiempo desde el último acorde del primer movimiento, creando un lazo armónico con el segundo movimiento. Ese movimiento avanza sin pausa hacia una sección de transición que lo vincula con el final.

El primer movimiento incluye una cadenza escrita por completo. Tradicionalmente, la cadenza se deja a la improvisación, composición o elección del solista. Por lo general, se la presenta justo antes del cierre del primer movimiento, en un punto en el que la modulación hacia adelante del concierto se detiene por un instante de modo que el solista pueda exhibir su virtuosismo. Este pasaje amplio y sin acompañamiento por lo general tiene poco que ver con la estructura de la pieza. Mendelssohn trató de integrar la cadenza a la forma, así que la situó antes dentro del movimiento. Sirve de transición entre la sección de desarrollo y la recapitulación. Ahora que la cadenza tiene un papel estructural importante, su forma y armonía ya no pueden quedar libres al capricho del solista. De manera que Mendelssohn escribió exactamente lo que el solista debía tocar, teniendo especial cuidado (y pidiendo el consejo de David al respecto) de que no obstante diera al virtuoso amplia oportunidad de exhibir su habilidad. No hay ninguna cadenza en los movimientos segundo y tercero, pero la modulación perpetua del final brinda constantemente al violinista una figuración imaginativa que promete llamar la atención y, al mismo tiempo, deleitar a los oyentes.